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问题解答：
这个问题太大了，具体要看不同的情况。
从区域来说，上海当然好些。如果是上海海洋大学的优势专业，当然应该选上海。
重庆工商大学和重庆理工大学比较，我个人认为理工大学（原重庆工学院，2009年5月更名）特色明显，该校在工业管理方面有较好的基础，尤其是会计学专业是重庆最好的，另外汽车相关专业也是其强项，知识产权法专业重庆独此一家。
至于重庆工商大学，学科门类多，但没有“人无我有”的专业，文科比不上西南大学、重师大；工科比不上重大、理工大学、邮电交大，经济和管理也赶不上重大，法学比不上西政。总的来说专业缺少特色和优势。地位邮电尴尬。但近年发展势头不错，重视校园文化和学生综合素质培养。
如果是学理工，上海海洋大学或重庆理工大学更好些。
上海海洋大学要在2012年建校建校100年之际把学校基本建设成为海洋、水产、食品等学科优势明显，农、理、工、经、文、管等多学科协调发展，科研教学并重，在国际上有重要影响的高水平特色大学，成为高级专业技术人才和高素质应用型人才培养的摇篮以及我国海洋、水产、食品等方面科技创新的重要基地。
论地域是上海海洋大学好。但是论发展是重庆理工大学好。
上海海洋大学，2008年以前叫“上海水产大学”，属于农林类的高校，现在虽然改叫“上海海洋大学”，但是其理工科其实实力太差，基本处于刚起步地位，主要是农学、水产养殖、食品类的专业比较好。
总体来说，海洋的所有专业就业率都不高，在上海市公布的38个就业较低的专业中，光前十名的，海洋的专业就占了6个。包括海洋渔业和水产养殖这2个所谓的王牌专业。，因为这些个专业，如果不考研的话，本科生出来工作都很糟糕。
海洋大学就业好一点的专业：
日语，生物技术（海洋生物制药方向），金融，计算机，会计，国贸
真不好意思，跟水产海洋名字相关的专业基本挨不上边儿，
现在的就业都是以市场需求为导向的，跟学校名字相关的很少
上海海洋大学时农林类的学校
反正重庆理工不是很好，虽然有潜力但是现在还很差，我是重工的，原来是重庆工学院
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