1978年，中华人民共和国国务院以（1978）256号文件，将九寨沟划为国家级自然保护区。 1992年12月14日，联合国自然遗产委员会16届会议一致通过将九寨沟列入《世界自然遗产名录》，九寨沟成为世界自然遗产，承担自然遗产公约所赋予的职责：向世界提供它拥有的并应完好无损地留给后代的最大财富，为全人类保护好这一伟大财富。 1994年，中华人民共和国林业部以林函护字（1994）174号文件，至函四川省人民政府，再次明确九寨沟为国家级自然保护区。并根据林业部林护字（1998）97号《关于统一国家级自然保护区名称的通知》，8月16日，将“四川南坪九寨沟自然保护区管理处”更名为“四川九寨沟国家级自然保护区管理处”。
2000年3月，根据国家林业局要求，“九寨沟国家级自然保护区管理处”更名为“九寨沟国家级自然保护区管理局”。
2001年，取得“绿色环球21”认证合格证书。
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